Реализация алгоритмов биоинформатики Нидлмана-Вунша, Смита-Ватермана, Хиршберга и аффинного алгоритма для выравнивания биологических последовательностей.
Алгоритм написан на чистом C89 без каких-либо зависимостей.
Для bio-alignment требуется только C89-совместимый компилятор и утилита make.
$ cd bio-alignment
$ make
$ ./bin/bio-alignment --help
$ ./bin/bio-alignment -i data/in.fasta -o out.fasta -s blosum62 -g -5В папке data расположены файлы in1.fasta, in2.fasta, in1_1.fasta, in1_2.fasta, in2_1.fasta, in2_2.fastaиспользуемые для тестирования утилиты.
Тест in.fasta может быть запущен следующим образом:
$ ./bin/bio-alignment -i data/in1.fastaТест in1.fasta, in2.fasta может быть запущен следующим образом:
$ ./bin/bio-alignment -i data/in1_1.fasta,data/in1_2.fasta